Poza en la Edad Media
Tras la caída definitiva de Roma en esta zona en el siglo VI, y una vez transcurrido un periodo caracterizado por una gran inestabilidad en la Alta Edad Media durante el periodo visigodo y los primeros momentos del avance musulmán, existe ya en el siglo IX un núcleo de población llamado por primera vez "Poza" y ubicado en el propio territorio salinero, en la ladera noreste de El Castellar y al pie del flanco norte del diapiro.
Su nombre hace referencia a los pozos de sal y su etimología parece clara, del latín putea –plural de puteum, pozo-. Aquí hubo un monasterio benedictino de los Santos Justo y Pastor, dependiente entre los siglos X y XIII de San Pedro de Cardeña de Burgos, una primera iglesia, de Santa Eufemia, la iglesia de San Millán y también una primera fortificación que probablemente formaba parte en este territorio junto a otras de la línea de defensa que protegía los primeros núcleos de repoblación.
Referencias documentales
La primera referencia documental a la explotación de las salinas está recogida en el Becerro Gótico de Cardeña, en una escritura de donación de una suerte de muera que Diego y Eufrasia, matrimonio, con sus hijos Tello y Juan, entregan al monasterio de Cardeña y a su abad Alfonso por la salud de sus almas, con fecha de 15 de enero del año 937. A esta escritura se suceden otras a lo largo del siglo en relación con los trabajos de extracción de muera y explotación de la sal, escrituras que aportan también otros datos. En uno de los documentos, fechado el día 18 de marzo del año 962, aparece citado Álvaro Cianiz como merino de Poza (et Albaro Zianiz maiorino de Poza), junto al rey Sancho de León, el conde Fernán González, y otros.
El 1 de diciembre del año 965 es mencionado Trascastro (in locum quem vocitant Trascastellum Poza) en la escritura de donación que el presbítero Juan hace de la iglesia de Santa Eufemia y de todos sus bienes al monasterio de Cardeña y su abad Esteban. El 9 de enero del año 978, en un diploma que recoge la venta a Cardeña de un pozo completo de muera, se menciona por primera vez el monasterio de los Santos Justo y Pastor y también el nombre del valle en el que se encuentra dicho pozo: Socastro (pozo de moyra in loco que dicitur Subkastrello, iuxta SanctorumIusti et Pastoris...), haciendo referencia nuevamente a la fortificación.
Durante estos siglos la propiedad y explotación de las salinas estará estrechamente ligada a los grandes monasterios de San Pedro de Cardeña (siglos X, XI y XII), San Salvador de Oña (a partir del año 1011, fecha de su fundación), Las Huelgas de Burgos, y también a los reyes de Castilla, desde Alfonso VIII, como antes lo estuvo a la familia de Fernán González.
El Alfoz de Poza
Esta zona del condado castellano al norte del Duero, repoblada entre los años 860 y 912, se organiza hasta mediados del siglo XII en alfoces, concepto geográfico y administrativo que con origen en el vocablo árabe al-hauz, significa distrito o cantón y designa un territorio cuyo régimen jurídico depende de un castillo principal. Al frente de este castillo se encuentra el Tenente, quien detenta el gobierno del alfoz en nombre del conde. El Alfoz de Poza, que junto a los alfoces de Briviesca, Pancorbo y Monasterio integraría más adelante la Merindad de Bureba, es citado en la documentación de Oña en un diploma fechado el 14 de mayo de 1011: Solas in alfos de Posa...et exinde ad defessan de Arconada que est mea de alfoz de Posa; también con fecha de 10 de enero de 1133: in uilla que dicitur Piernigas... Hec uillasita est in alfoce de Poza. Este alfoz incluyó 103 lugares -43 aldeas y 60 despoblados- que lo convirtieron en el más extenso de la posterior Merindad de Bureba, y en uno de los cinco más grandes del territorio que hoy constituye la actual provincia de Burgos.
Ya desde finales del siglo XI se va definiendo la Merindad como nueva entidad administrativa, de tal forma que aparecen frecuentes alusiones documentales a tenentes y merinos de la merindad de Bureba a lo largo de los siglos XII y XIII. Así, en el año 1048 dominaba en Poza Sancho López, quien a pesar de la derrota del rey navarro en Atapuerca, aún consta como tenente de éste en el año 1057. En 1082 es tenente el conde Gonzalo Salvadores, muerto en la traición de Rueda, y en 1097 Gómez González. Durante el reinado de Alfonso el Batallador, Sancho Juan. En 1168 Alfonso VIII concede Poza en arras a Leonor de Inglaterra, su esposa, y nombrará como tenentes a García Rodríguez en 1177 y a Pedro Gutiérrez en 1181.
En Plena Edad Media, en el siglo XII ya existe constancia de la ubicación de Poza en su emplazamiento actual. Probablemente es en este momento cuando durante el reinado de Alfonso VII de Castilla -Madoz recoge en su Diccionario que la Villa fue poblada por segunda vez en 1135- comienza la construcción del castillo actual y la muralla.
En el año 1192 el Monasterio de San Pedro de Cardeña traspasa a Alfonso VIII todos sus derechos y propiedades en estas salinas, de tal manera que a principios del siglo XIII la obra de este monasterio en Poza ya es casi inexistente produciéndose el abandono del monasterio de los Santos Justo y Pastor y de la iglesia de Santa Eufemia.
A mediados del siglo XIII, en 1255, Alfonso X el Sabio intenta incorporar las salinas con la publicación en este año de su Fuero Real, pero este control por parte de la Corona sólo se consiguió, y con restricciones, en 1348, con Alfonso XI y su publicación del Ordenamiento de Alcalá.
En 1298 Fernando IV de Castilla, siendo regente María de Molina, otorga Poza y Pedrajas, que son en la merindad de Bureba, a Juan Rodríguez de Rojas, donación que Alfonso XI confirmará medio siglo después. Así Poza deja de ser realengo para convertirse en señorío, hasta el siglo XVI. Es entonces cuando Carlos I creará el Marquesado de Poza a favor de uno de sus descendientes, también llamado Juan de Rojas, en 1537.
La Villa debió ser por su importancia económica un foco de atracción para la comunidad judía a lo largo del medievo, y de hecho al menos durante el último tercio del siglo XV -hasta 1492, fecha de su expulsión de Castilla- la aljama judía tiene en Poza una importancia social y económica considerable reflejada en las cargas tributarias que soportaba. La tradición señala como sinagoga judía la llamada Casa de Abid o Casa de Abril, como se conocía popularmente, sin embargo algunos especialistas no parecen estar de acuerdo con la ubicación de la aljama dentro de la muralla, en el corazón de la Villa.